La iglesia de San Gil Abad está situada en la rúa o Rueda de San Gil, como antiguamente se la conocía. Junto a la iglesia se levanta el llamado Arco de San Gil, desempeñando funciones de torre defensiva y de prisión que todavía se utilizaba en el siglo XVI. Uno de los torreones, hoy desaparecido, estaba adosado a la iglesia y en él eran acogidas «las emparedadas», sencillas mujeres que por motivos de fe y piedad tomaban la decisión de alejarse del mundo, llevando una vida de penitencia y oración. Se comunicaban con la iglesia por una escalera de caracol situada en forma de cubo en la capilla del Santísimo Cristo. Oían Misa en la capilla de la Buena Mañana.
Una Bula del Papa Alejandro III, del año de 1163, cita entre las once iglesias existentes en Burgos la de San Egidio, que decimos de San Gil. Al crecer la población, los vecinos trataron de erigir un templo grande con la advocación de San Gil.
La estructura primitiva del edificio consta de tres naves y crucero, toda en piedra. El año 1480 don García de Mazuelo y Alonso de Lerma refunden la Capilla de la Buena Mañana o de Nuestra Señora, obra de Gil de Siloé.
El retablo, recientemente restaurado, consta de dos cuerpos, descansa sobre un banco de los cuatro Evangelistas, marcando la estructura general de tres calles, de las cuales hay que destacar la central, donde están la Virgen Madre sedente en silla real, rodeada de ángeles, y la Asunción.
Cuando santa Teresa llegó a Burgos a hacer su última fundación, el año 1532, acudía a oír la Santa Misa a esta capilla porque se decía a primera hora de la mañana.
El retablo actual, de estilo barroco, de 1470, de grandes columnas salomónicas, alberga en el centro un lienzo de la vida de San Gil, Abad, atribuido al burgalés Martínez Barranco, y los laterales con san Fernando de Castilla y san Luis de Francia.
En 1529 es erigida la capilla de la Natividad de María a expensas de don Juan de Castro y doña Inés de Lerma. Felipe Vigarny nos ha dejado una elocuente catequesis sobre los misterios principales de la vida de la Santísima Virgen. En esta capilla se encuentra la pila bautismal donde fue bautizado el beato Diego Luis de Sanvitores; así consta en el Libro de Bautizados Tomo 3º, folio 211.
Desde 1836 se venera el Santísimo Cristo que se conoce con el título de Burgos, que fue traído en 1207 a Burgos por san Juan de Mata, fundador de la Orden de los Trinitarios, entregada en Roma por el Papa Inocencio III.
La parroquia de San Gil se encuentra en el corazón del centro histórico, disfrutando de la rica historia de calles como Fernán González, Hospital de los Ciegos, Huerto del Rey, Avellanos. Por sus calles discurre el camino de Santiago.
Entre las fiestas devocionales más importantes por su antigüedad, además del 1 de septiembre, día del santo titular, están el 3 de mayo, Invención de la Santa Cruz, fiesta del Santísimo Cristo, bajo cuya advocación se erigió una cofradía que ha superado los siglos y hoy se la conoce con el nombre de «Real Hermandad de la Sangre de Cristo de Burgos y Nuestra Señora de los Dolores».
El Viernes de Dolores. Bajo la advocación de «Nuestra Señora de los Dolores» se creó en 1878 una cofradía de señoras con el título de «Esclavas de María Santísima de los Dolores», y que hoy existe con una gran pujanza.
El 11 de febrero se celebra una fiesta en honor de Nuestra Señora de Lourdes, que desde hace más de veinticinco años se venera en esta Parroquia.
El edificio actual responde a una nueva fábrica de los siglos XIII y XIV, con alguna modificación posterior. Presenta planta de cruz latina, muy espaciosa, dividida en tres naves y crucero. Aunque el exterior es muy sobrio con una fachada prácticamente desnuda, el interior cuenta con siete capillas, además del altar mayor.
De todas ellas la más destacable es la CAPILLA DE LA NATIVIDAD
Mandada construir por Juan de Castro e Inés de Lerma en 1529 como capilla funeraria destaca su retablo dedicado a la Natividad de la Virgen.
CAPILLA DE NUESTRA SEÑORA DE SAN GIL O DE LA BUENA MAÑANA.
Ampliada y reconstruida de dos anteriores en 1480 a expensas de Garci Martínez de Mazuelo y Alonso de Lerma. El retablo del siglo XV, realizado por Gil de Siloé, dedicado a la Virgen de la Buena Mañana.
CAPILLA DE LOS REYES MAGOS
Ampliada en el año 1489 por los fundadores, Fernando de Castro y Juana García de Castro. El retablo es similar al de la Buena Mañana.
CAPILLEJA DE LOS BURGOS
Antigua sacristía de la Iglesia, hoy es un auténtico museo, con sepulcros de la época de Simón de Colonia, relieves de alabastro y tablas flamencas.
Las dos imágenes de la Hermandad se encuentran en dos capillas enfrentadas en los brazos del crucero, y son:
CAPILLA DEL SANTÍSIMO CRISTO. Edificada en 1563 por Juan de Vallejo por encargo de Pedro de Encinas.
En esta capilla se encuentra la imagen del SANTÍSIMO CRISTO DE BURGOS.
CAPILLA DE LA DOLOROSA. Situada en el brazo opuesto del crucero. En ella se encuentra la imagen de NUESTRA SEÑORA DE LOS DOLORES, que procede del convento desamortizado de la Merced, colocada sobre un retablo de alabastro realizado por el escultor burgalés Andrés Martínez Abelenda en 1950.
Tradicionalmente se viene asignando a l escultor Gregorio Fernández pese a que su morfología plástica es característica del siglo XVIII. Es una imagen de gran veneración popular que ha desempeñado durante todo el siglo XX un destacado papel en la Semana Santa burgalesa, siendo llevada en un paso elaborado por el prestigioso orfebre burgalés Maese Calvo.